در پي چندين ماه كشمكش ميان مسلمانان باكو با حاكميت اين جمهوري و چندين مورد تجمع و ارسال طومار به مسئولين، در نهايت دادگاه رسيدگي به اين پرونده حكم تخريب مسجد نيمهساز فاطمه زهرا (س) را صادر كرد.
آرمان نوشت؛ مسجد حضرت فاطمه(س) كه مجوز ساخت آن در زمان حيدر علي اف صادر شد به بهانههاي واهي در زمان حاكميت علي اف پسر تخريب ميشود.
عده بسياري از مسلمانان اين جمهوري در اعتراض به تخريب مسجد فاطمه زهرا اقدام به تجمع و راهپيمايي كردند كه با برخورد و واكنش تند پليس و نيروهاي امنيتي اين كشور مواجه و تعدادي هم بازداشت شدند.