علی مطهری در تابناک نوشت:
حادثه ممانعت از سخنرانی حجت الاسلام سید حسن خمینی در مجلس سالگرد رحلت امام خمینی (ره) یک حادثه تلخ و مخالف آرمانهای انقلاب اسلامی از جمله آزادی بیان بود و البته یک حادثه از پیش طراحی شده بود که شخص رئیس جمهور در آن نقش اساسی داشت و می توان گفت از سنخ مناظره انتخاباتی ایشان بود که زمینه فتنه را فراهم کرد.
نوع سخنان رئیس جمهور محترم که به جای وحدت، تفرقه انگیز بود، اصرار بر طولانی کردن سخنان خود تا وقتی برای سیدحسن باقی نماند و نیز جمله آخر ایشان که "اکنون به سخنان رهبر انقلاب گوش فرا میدهیم" دلیل بر این مدعا است.
اگر قوه قضاییه عوامل فتنه انتخاباتی 88 یعنی آقایان موسوی، کروبی و احمدی نژاد را به طور همزمان محاکمه می کرد و مجازات هریک را به نسبت جرم آنها اعلام می نمود در 14 خرداد 89 این اتفاق نمی افتاد .احمدی نژاد مانند کودک عزیزکرده یک خانواده شده است که هرچه دیگران را اذیت می کند مورد تشویق قرار می گیرد.
من درصدد دفاع از مواضع آقای سید حسن خمینی نیستم و شاید ایشان میبایست انتقاداتی را به رهبران معترض وارد میکرد اما آیا اگر کسی به نحوه مدیریت بحران اخیر انتقاد داشت باید از صحنه انقلاب حذف شود و نباید حق اظهار نظر داشته باشد؟ شاید سید حسن دیروز می خواست انتقاداتی به موسوی و کروبی وارد کند. پس ابتدا حرف او را گوش کنیم، اگر قبول نداشتیم اعتراض کنیم و شعار بدهیم، نه اینکه از چند روز قبل تصمیم بر این باشد که به او اجازه سخن گفتن ندهیم... .
مردم از خواب بیدار میشن دنبال دزده می کنن .
یکی از مردم که آخرین نفر از خواب بلند شده فریاد می کنه : هم دزد رو محاکمه کنید هم جارچی رو !
جارچی هم باندازه دزده مقصره چون مردم رو بیدار کرده وبه فتنه دامن زده !!
امان از بی بصیرتی !!!
جناب آقاي مطهري بنظر ميرسد مسير راه سيد حسن خميني در حمايت از سران فتنه مقابل چشم شما هم خواهد بود
فرزند استاد مطهري بودن ملاك با ارزشي براي شما نيست كه هر چند وقت يكبار چنين بي حرمتي ها داشته باشيد بنظر ميرسد در آينده اي نزديك شاهد چنين شعارهائي از سوي مردم متدين و انقلابي بر عليه شخص شما باشد
بترس از چنين سرنوشت ناميمون
كمي تامل كن و خجالت بكش از اين همه ناروا داشتن به رئيس قوه مجريه
فردي از قم مقدسه
ای کاش تمام سیاستمداران کمی اینچنین عاقل بودند، دریغ
جرئت داره بیاد یکی از مراسمات انقلابی و ملی خودش رو نشون بده تا ابراز انزجار مردم از مواضعش رو ببینه