وزیر دولت اصلاحات در باره رساله دکتری سعید جلیلی گفت: سوء تفاهمی را به عنوان رساله نوشته، راهنمایی و تصویب شده است. مقایسه کنید با رساله دکتری شهید علی لاریجانی.
سید عطاءالله مهاجرانی، وزیر فرهنگ و ارشاد دولت سید محمد خاتمی در توئیتی نوشت: «وقت جدی گذاشتم. رساله دکتری سعید جلیلی را خواندم.
در دانشگاه امام صادق علیه السلام دکتری گرفته، استاد راهنما حضرت ٱقای علم الهدی امام جمعه مشهور مشهد بوده است.
تنها می توان گفت سوء تفاهمی به عنوان رساله نوشته، راهنمایی و تصویب شده است. مقایسه کنید با رساله دکتری شهید علی لاریجانی.»
در سایت "حیات طیبه، پایگاه اطلاع‌رسانی دکتر سعید جلیلی"، تحت عنوان "سلسله جلسات بنیان اندیشه سیاسی اسلام در قرآن (صوت)" آمده است:
«دکتر جلیلی نماینده مقام معظم رهبری در شورای عالی امنیت ملی از اواسط دهه شصت پژوهش های متعددی را در حوزه اندیشه سیاسی اسلام دنبال کرده است. سیاست خارجی پیامبر رساله کارشناسی ارشد ایشان بوده که ترجمه عربی آن در خارج از کشور به چاپ های متعدد رسیده است . دکتر جلیلی بنیان های اندیشه سیاسی اسلام در قرآن را در رساله دکتری خود بحث کرده و سال هاست این سرفصل را در دانشگاه های امام صادق و تهران تدریس می کند.»