طرح سرنگونی و یا قتل رئیس جمهور پاکستان سبب بروز اختلافات عمیق میان رهبران شبکه القاعده شده و جمعی از فرماندهان این شبکه با دستور رهبران خود مبنی بر سرنگونی مشرف موافق نیستند. به گزارش خبرگزاری مهر،ساندی تلگراف با بیان این مطلب نوشت : دستور جدید "بن لادن" و "ایمن الظواهری" رهبران شماره یک و دو القاعده مبنی بر گسترش عملیاتها در پاکستان با هدف سرنگونی و یا قتل "پرویز مشرف"، سبب بروز اختلاف میان رهبران و فرماندهان این شبکه تروریستی شده است. بر اساس این گزارش، پس از حوداث مربوط به مسجد "لعل" بن لادن و الظواهری دستور تشدید خشونت ها در پاکستان را دادند که انفجار روز جمعه ( 5 مرداد ) در نزدیکی این مسجد نمونه ای از عملیات های القاعده در تشدید خشونت های خود در پاکستان است. بر همین اساس، فرماندهان بلندپایه القاعده معتقدند تلاش برای سرنگونی و یا قتل مشرف، سبب تحریک ارتش پاکستان در حمله به مواضع القاعده در کوهستان های این کشور می شود و اگر القاعده به اقدامات خود بر ضد مشرف ادامه دهد؛ آنگاه این شبکه "بهشتی" را که برای خود در مناطق قبیله نشین پاکستان ایجاد کرده در خطر نابودی قرار می دهد. برخی از ماموران آمریکایی که مسئول عملیات برای "شکار" بن لادن هستند در گفتگو با ساندی تایمز اعلام کردند که الظواهری بدون مشورت با سایر فرماندهان القاعده دستور قتل مشرف را صادر کرده است ؛ الظواهری در تلاش است که حکومتی همانند طالبان را در پاکستان روی کارآورد. به گفته این ماموران آمریکایی، در روزهای اخیر منابع پاکستانی که عمدتا از افراد متعلق به گروه های جنگجوهستند خبرهایی را درباره محل اختفای اعضای القاعده در کوهستان های پاکستان در نزدیکی مرزهای افغانستان مخابره کرده اند. به گفته مقامهای آمریکایی، گروه های پاکستانی به دلیل در امان ماندن از حملات ارتش این کشور اقدام به مخابره اطلاعات مربوط به القاعده کرده اند. این گزارش در ادامه می افزاید : پس از حمله آمریکا و متحدانش به افغانستان، کوهستان های پاکستان در نزدیکی مرز این کشور با افغانستان تبدیل به مکانی امن برای رهبران القاعده شد و در سال های اخیر القاعده توانست در این مکان قوای خود را بازسازی کند، حال اگر ارتش پاکستان بخواهد حملات خود بر ضد القاعده به دلیل تشدید عملیاتهای این شبکه را افزایش دهد آنگاه رهبران القاعده باید به فکر یافتن یک پایگاه جدید برای خود باشند و همین امر سبب بروز اختلاف میان رهبران و فرماندهان القاعده شده است.