حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پیامی، درگذشت آیت‌الله مسلم ملکوتی را تسلیت گفتند.
متن پیام رهبر انقلاب به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
رحلت عالم جلیل مرحوم آیةالله آقای حاج شیخ مسلم ملکوتی رضوان‌الله علیه را که از علمای مبرّز حوزه‌های علمیه بوده و مفتخر به سوابق طولانی مجاهدات و خدمات به انقلاب و نظام جمهوری اسلامی میباشند، به خاندان مکرم و معزّز و شاگردان و ارادتمندان ایشان و به عموم مردم عزیز آذربایجان و نیز به مراجع عظام و علمای اعلام حوزه‌ی علمیه‌ی قم تسلیت عرض میکنم.
حضور همیشگی این عالم مجاهد در فعالیتهای سیاسی جامعه‌ی مدرسین قم در دوران اختناق و سپس خدمات ایشان در سنگر امامت جمعه‌ی تبریز قهرمان و همراهی و همگامی با رزمندگان دفاع مقدس، سوابق ثبت شده‌ئی است که از حافظه‌ی تاریخ انقلاب و از دیوان کرام‌الکاتبین محو نخواهد شد انشاءالله. از خداوند متعال رحمت و مغفرت و علو درجات ایشان را مسألت میکنم
سیدعلی خامنه‌ای
۴ اردیبهشت ۱۳۹۳