دکتر محمد فرهادی تا کنون دو دوره وزارت را تجربه کرده است. یکی در دولت موسوی و دیگری در دولت خاتمی.
به گزارش خبرآنلاین ، فرهادی در 5 آبان 1364 توانست با کسب ۲۱۷رأی موافق،در برابر 13رأی مخالف و۲۸ رای ممتنع، اعتماد مجلس دوم را به خود جلب کند و راهی وزارت آموزش عالی شود.
فرهادی سپس در دولت خاتمی نامزد وزارت بهداشت و درمان شد و این باردر تاریخ 29مرداد 1376توانست216 رای موافق به دست آورد ، در حالی که مخالفانش 34 رای داشتند و 16 نفر نیز به او رای ممتنع دادند.