مهندس مهدی بازرگان 30 دی 1373 در سوئیس درگذشت.
تارنمای تاریخ ایرانی، در سالروز درگذشت نخستوزیر دولت موقت عکسی را منتشر کرده است که در آن سیداحمد خمینی، فرزند بنیانگذار جمهوری اسلامی در عیادت از مهندس مهدی بازرگان، نخستوزیر دولت موقت در سال ۱۳۵۹ با او گپ میزند.
مهدی بازرگان در ۳۰ دی ۱۳۷۳ خورشیدی در سفر درمانی، در ژنو درگذشت و بعد از انتقال پیکر او به تهران و تشییع از مقابل حسینیه ارشاد در قم دفن شد. بنا به وصیت بازرگان، پیکرش در مقبره بیات در نزدیکی آرامگاه فاطمه معصومه و در کنار والدین و برخی از اقوامش به خاک سپرده شد.