داستان فصل سوم سریال زیرخاکی از همان‌جایی آغاز می‌شود که سریال زیرخاکی ۲ به پایان رسید در فصل دوم «زیرخاکی» با به اسارت رسیدن فریبرز و ناصری به دست نیرو‌های بعثی در جبهه به پایان رسید و مخاطبان در فصل جدید از ادامه ماجرا‌ها مطلع می‌شوند.