عدم پرداخت حقوق به کارکنان در ماههای اخیر و بروز اختلاف در شیوه مدیریت روزنامه کارگزاران از جمله مشکلاتی است که این روزنامه با آن مواجه است.
روزنامه کارگزاران سال گذشته نیز به دلیل مشکلات مالی و اختلاف نظر پیرامون اداره آن؛ به مدت چندین ماه تعطیل شده بود.